單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)目前正應(yīng)用得如火如荼，比如單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質(zhì)轉(zhuǎn)座酶可接近性測序(ATAC-seq)。與傳統(tǒng)的大量細(xì)胞測序方法相比，單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)突出了細(xì)胞之間的差異，有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄圖譜，而ATAC-seq能夠說明染色質(zhì)可接近性及其對基因表達(dá)的影響。
不過，此類研究都需要對分離的細(xì)胞核進(jìn)行準(zhǔn)確計數(shù)，因為文庫制備的要求是未裂解細(xì)胞的數(shù)量低，且樣本中不含細(xì)胞團(tuán)塊和碎片。此外，許多單細(xì)胞基因組學(xué)技術(shù)都需要完整的細(xì)胞核才能正常運(yùn)行。
臺盼藍(lán)染色法：
臺盼藍(lán)染色是常用的對死活細(xì)胞進(jìn)行分別計數(shù)的方法之一，染色原理是臺盼藍(lán)不能透過活細(xì)胞完整的細(xì)胞膜，故活細(xì)胞不著色；而死亡細(xì)胞的細(xì)胞膜損傷，染料透過細(xì)胞膜在細(xì)胞內(nèi)富集而使細(xì)胞著藍(lán)色。不過，臺盼藍(lán)染色并不一定能準(zhǔn)確分辨有核細(xì)胞和細(xì)胞碎片，因此它往往低估細(xì)胞總數(shù)而高估細(xì)胞活力。
熒光細(xì)胞計數(shù)方法：
吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理：活細(xì)胞經(jīng)AO染色發(fā)出綠色熒光，而死細(xì)胞經(jīng)PI染色發(fā)出紅色熒光。重要的是，對背景復(fù)雜的細(xì)胞，比如說外周血單個核細(xì)胞，含有細(xì)胞碎片較多或成簇的細(xì)胞計數(shù)，避免了細(xì)胞碎片的檢測。這種方法最近也應(yīng)用在單細(xì)胞基因組學(xué)應(yīng)用上，其中綠色對應(yīng)了完整細(xì)胞，而紅色對應(yīng)了成功分離的細(xì)胞核。這種策略讓研究人員能夠計算未裂解的殘留細(xì)胞占總細(xì)胞數(shù)的百分比，同時對細(xì)胞核進(jìn)行計數(shù)，提示樣本質(zhì)量，幫助研究人員確定是否繼續(xù)進(jìn)行單細(xì)胞基因組學(xué)流程。
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